Mengkonfigurasi Konektor Mengetahui peta lokasi memungkinkan konfigurasi motherboard yang tepat untuk konfigurasi (penyusunan/pengaturan) case dan lampu motherboard pada bagian depan panel case, yang juga disebut bezel atau faceplate (lempengan muka). Untuk pengaturan disket, selalu ingat bahwa garis berwarna pada kabel data adalah pin 1. Konektor yang lebih modern sebagian besar ‘dikunci’ dengan sebuah pin yang hilang ataupun konektor yang tersumbat, sehingga tidak mungkin melakukan kesalahan dalam pemasangan. Kebanyakan, kabel berwarna pada kabel listrik adalah positif sementara kabel berwarna putih atau hitam sebagai ground atau negatif. Konektor I/O umumnya mengikuti konvensi standar industri. Informasi yang lebih lanjut dapat diperoleh dari buku panduan motherboard.
Mengkonfigurasi BIOS Chip ROM BIOS dan Complementary Metal Oxide Semiconductor (CMOS, dieja “see-moss”) berisi software yang mengatur dan merekam konfigurasi master untuk keseluruhan komponen dalam sistem, termasuk juga yang berada pada motherboard dan seperangkat chip logis. BIOS memiliki interface (antarmuka) khusus yang dapat diakses setelah uji diagnosa POST dijalankan. BIOS mengeset komponen-komponen lain seperti halnya tipe hard drive, CD-ROM, dan setting floppy. Interface BIOS dapat dijalankan dengan keyboard, atau berupa gambar yang digerakkan dengan mouse. Ketika drive dilepas, memory diupgrade (diperbarui), atau papan adapter ditambahkan, setup BIOS perlu diupdate/diperbarui untuk menampilkan/mengenali perubahan konfigurasi dan kemudian disimpan di dalam chip CMOS.
Mengkonfigurasi Prosesor Motherboard harus dikonfigurasi berdasarkan frekuensi processor yang akan dipasang. Pengaturan ini berbeda untuk setiap tipe motherboard dan prosesor. Semua spesifikasi berasal dari pabrik dan dapat ditemukan pada buku petunjuk yang disertakan bersama dengan produk. Secara khusus, buku panduan motherboard akan menjelaskan bagaimana CPU dengan frekuensi bus dihubungkan. Pastikan bahwa CPU yang digunakan mendukung kecepatan bus serta kecepatan clock CPU. Kenyataan bahwa motherboard sesuai dengan semua kecepatan, tidak berarti bahwa CPU tersebut mampu menjalankan semua perbedaan/variasi yang dapat dikonfigurasi.